Við grunnskóla skal starfa foreldrafélag, sbr. 9. gr. grunnskólalaga. Skólastjóri er ábyrgur fyrir stofnun þess og sér til þess að félagið fái aðstoð eftir þörfum. Hlutverk foreldrafélags er að styðja skólastarfið, stuðla að velferð nemenda og efla tengsl heimila og skóla. Foreldrafélag hvers skóla setur sér starfsreglur, m.a. um kosningu í stjórn félagsins og kosningu fulltrúa í skólaráð. Allir foreldrar barna í Giljaskóla eru í foreldrafélaginu nema þeir óski sérstaklega eftir því að vera það ekki.
Hlutverk foreldrafélaga er að vera samstarfsvettvangur foreldra m.a. til þess að efla tengsl heimila og skóla, veita upplýsingar og fræðslu og byggja upp félagsstarf í bekkjardeildum. Foreldrafélag Giljaskóla stendur fyrir fræðslu til foreldra og barna og skemmtunum fyrir börn í skólanum eftir því sem aðstæður leyfa. Félagsgjöld í félagið eru ákveðin á aðalfundi en eru að jafnaði innheimt á haustönn hvers skólaárs. Í stjórninnni sitja fimm manns sem kosin eru á aðalfundi í maí ár hvert og fundar u.þ.b. einu sinni í mánuði allt skólaárið og oftar ef þurfa þykir. Fulltrúi úr stjórn foreldrafélagsins situr í skólaráði Giljaskóla og SAMTAKA samráðsfélagi foreldrafélaga grunnskólanna á Akureyri. Hægt er að koma erindum til foreldrafélagsins með því að hringja eða senda tölvupóst.
Félagið stuðlar að virkri starfsemi í bekkjarráðum, skilgreinir og samræmir hlutverk bekkjarfulltrúa þannig að allir foreldrar taki þátt í starfi með börnunum og sér til þess að bekkjarfulltrúar ásamt kennara fylgi foreldrasamstarfinu eftir milli árganga. Að hausti skrifa foreldrar sig fyrir verkefni sem þeir bera ábyrgð á. Hver bekkur hefur möppu fyrir foreldrasamstarfið sem inniheldur m.a. hugmyndabanka yfir möguleg verkefni, góðar greinar og ráð um uppeldismál, nafnalista og heimilisföng yfir nemendur og aðstandendur, bekkjarfulltrúa og skiptingu verkefna fyrir veturinn. Bekkjarfulltrúum er úthlutað fjámagni ár hvert til nota fyrir ýmislegt tengt starfi með bekkjunum.