Giljaskóli stendur við Kiðagil og þjónar íbúðabyggðinni í Giljahverfi. Undirbúningur að byggingu skólans hófst árið 1995 og sama ár hóf skólinn starfsemi sína í húsnæði leikskólans Kiðagils. Hönnun skólahússins hófst í byrjun árs 1996 og Fanney Hauksdóttir var akitektinn. Fyrsti áfangi var tekinn í notkun 1. febrúar 1998, annar áfangi á haustdögum 2002. Loks var byggður skólaíþróttasalur undir sama þaki og fimleikasalur í íþróttamiðstöð Giljaskóla sem lokð var við að byggja sumarið 2010.
Skólinn er nú 4.719 fermetrar auk íþróttahúss. Heildarflatamál lóðar er 16.493 fermetrar. Fullskipaður getur skólinn verið með um 450 nemendur. Í skólanum er sérdeild fyrir fjölfatlaða nemendur. Haustið 2013 var stækkun á húsnæði sérdeildar tekin í notkun. Við það gjörbreyttist aðstaða nemenda og starfsfólks sérdeildar.
Skólastjórar:
Halldóra Haraldsdóttir (1995 – 2003)
Jón Baldvin Hannesson (2003 - 2019)
Kristín Jóhannesdóttir (2019 - 2022)
Elías Gunnar Þorbjörnsson (2023 - (leyfi vorönn 2024)
Aðalheiður Skúladóttir (vorönn 2024)
Saga Giljaskóla
Giljaskóli hóf starfsemi í húsnæði leikskólans Kiðagils haustið 1995 með þrjár kennslustofur, lítið rými fyrir undirbúningsaðstöðu kennara og skrifstofu skólastjóra. Annað starfsmannarými var sameiginlegt með leikskólanum svo og skólalóð. Þegar á öðru ári var húsnæðið orðið of lítið og var þá bætt við lausri kennslustofu.
Í upphafi var stefnt að því að fyrsti hluti byggingaráfanga nýs Giljaskóla yrði tilbúinn haustið 1997 en það gekk ekki eftir. Þá var fyrirséð að skólinn yrði áfram í Kiðagili með viðbótarhúsnæði í sal leiksólans, en auk þess fékkst lítill sumarbústaður sem nýttur var fyrir skrifstofu skólastjórnenda og sem sérkennslurými.
1998 var flutt inn í fyrri hluta fyrsta áfanga nýrrar skólabyggingar, þriggja hæða kennslustofuálmu. Um haustið var skólinn tilbúinn til notkunar seinni hluti fyrsta áfanga, stjórnunarrými og skólavistun. Þá var búið að taka í gagnið um 2.100 fermetrar en fullbyggður er skólinn um 4.500 fermetrar auk íþróttahúss. Það var rúmt um nemendur í nýrri skólabyggingu fyrstu tvö árin. Haustið 2000 var skólahúsnæðið orðið of lítið og þá fengust til viðbótar þrjár lausar kennslustofur. 2001 - 2002 var kennt í hverjum kima og settar saman bekkjardeildir. Auk kennslunnar í húsnæði skólans fór fram íþróttakennsla í Oddeyrarskóla og í íþróttahúsi við Laugargötu. Smíðar voru kenndar í Oddeyrarskóla, sundkennsla í báðum laugum bæjarins og að auki var heimilisfræði fyrir elstu nemendur skólans kennd í Oddeyrarskóla. Haustið Árið 2002 var skólinn loks fullbyggður, fyrir utan íþróttahús, og voru þá teknar í gagnið langþráðar sérgreinastofur.
Giljaskóli er nú einsetinn skóli, kennsla hefst kl. 8:10 að morgni. Frístund (skólavistun) fyrir 1. - 4. bekk er starfrækt frá því að skóla lýkur til kl. 16:15 á daginn en allan daginn þá daga sem hefðbundið skólastarf fer ekki fram.